La historia
Descubierta en Junio de 1539 en el sitio en donde hoy se levanta la ciudad, confluencia del río Gualí, la Quebrada seca y el Río Magdalena, la expedición debió asentarse y soportar la demora en la fabricación de dos bergantines que les permitirían seguir por el río, así mismo, el sitio retuvo a esta primera expedición por hacerse en él necesario el trasbordo de cargamentos para sortear el llamado Salto de Honda. El progresivo comercio peninsular con las provincias del Nuevo Reino de Granada, había hecho del Río Magdalena la única vía posible y segura para establecer algún contacto con el interior. Ante esta situación el interés fundamental de la Real Audiencia era el de establecer, a parte del camino cuya apertura se había encomendado a Alonso de Olaya en la medida en que se hacía necesario vincular a Santa fe de Bogotá con el Río Magdalena para la distribución de mercancías con destino a Tocaima, Ibagué y Mariquita, un puerto seguro y viable. Teniendo en cuenta las condiciones geográficas que hacía del Salto de Honda una barrera natural para la navegación, ya para las últimas décadas del siglo XVI se había establecido allí el puerto fluvial que necesitaba el Nuevo Reino.
Si bien la ubicación definitiva del puerto que se llevó a cabo en las inmediaciones de la población aborigen encomendada a los vecinos de Mariquita no había hecho del lugar un punto de distribución de mercancías si había logrado dar un claro impulso al comercio por esta vía. De aquí que se tome que la ciudad fue descubierta y no conquistada ya que el asentamiento indígena sirvió de referencia para el establecimiento de los españoles.
Durante la colonia y hasta antes de la independencia, el territorio hizo parte de las provincias de Mariquita y Neiva, que luego se dividieron en los departamentos de Cundinamarca, Boyacá y Antioquia. Ya para el primer cuarto del Siglo XVII, el puerto fluvial lo constituían "unos bohíos con techo de paja donde moraban los indígenas, ladinos unos, encomendados otros", que con el correr de los días se convirtió en pernoctadero de viajeros, forasteros, arrieros, comerciantes y funcionarios civiles y eclesiásticos.
De tal manera, Honda se convierte durante los siglos XVI y XVII en estación forzosa de mercaderías y pasajeros que llegaban o salían por Cartagena de Indias.
En 1620 ya había una iglesia, construida, pero se hallaba en tan mal estado que no podía reservarse en ella el Santísimo Sacramento, y entonces por acuerdo entre el Presidente de la Audiencia y el Arzobispo se encargó del Curato a los Padres jesuitas, quienes pusieron de Cura al Padre Offit. Este reconstruyó la iglesia de tapias y techo de paja, y después estableció galpones y hornos para quemar teja y cal e hizo nueva reedificación ya más sólida, y dio principio a la construcción del edificio del colegio, de cal y canto, con ayuda eficaz de los vecinos. El colegio de los jesuitas quedó fundado en 1622.